De tre medlemmer gik alle på Teignmouth Community College og spillede i starten i forskellige bands. De endte dog med at blive bandmedlemmer alligevel i en goth-glam-gruppe ved navn "Carnage Mayhem", som til sidst blev omdøbt til "Rocket Baby Dolls". Under dette navn vandt de Battle of the Bands-konkurrencen i 1994, selv om de optrådte mere som en protest (de ødelagde bl.a. deres udstyr på scenen) end som en egentlig konkurrent. Dette gav Bellamy, Wolstenholme og Howard selvtillid nok til at sige deres job op og gøre musikken til deres karriere. De blev også enige om et nyt bandnavn, "Muse".
De begyndte kort efter at spille deres første tidlige Muse-koncerter i store byområder som Manchester og London. I 1998 udgav bandet deres første professionelt producerede plade, den selvbetitlede "Muse EP", gennem pladeselskabet Dangerous. Deres anden EP, "Muscle Museum" fra 1999, endte med at blive et hit og nåede op på en 3. plads på indie-listerne i Storbritannien. Som et resultat heraf fik de endda lov til at optræde med et Muse-koncertshow på Woodstock '99 i USA.
Muse's første album udkom i september 1999 med titlen "Showbiz". Det endte med at blive et moderat hit, der toppede på plads nr. 29 på OCC-listen i Storbritannien. Deres næste album, "Origin of Symmetry", klarede sig meget bedre i deres hjemland (det nåede op på nr. 3 på hitlisten). Muse opnåede imidlertid international stjernestatus med udgivelsen af deres fjerde plade, "Black Holes and Revelations" i juli 2006, som ikke blot toppede listerne i Storbritannien, men også nåede op på 9. pladsen på den berømte Billboard 200-liste i USA.
I alt har det britiske altrockband udgivet 9 komplette studiealbums i løbet af deres karriere. Det bedst sælgende af dem er det førnævnte "Black Holes and Revelations" fra 2006, som solgte over 3,2 millioner eksemplarer på verdensplan. I mellemtiden kom det seneste nye Muse-album ud i august 2022 med titlen "Will of the People".
De største hits i Muse-sætlisten til dato er "Starlight" (2006), "Uprising" (2009), "Resistance" (også 2009) og "Madness" (2012).